Сёла Спасское и Тушино, располагавшиеся на возвышенном левом берегу реки Всходни (современное название - Сходня), известны с XIV века. В то время они принадлежали боярину Родиону Нестеровичу Квашне. Своим названием село Спаское обязано Спасо-Преображенскому монастырю, находившемуся там с XIV века до 1764 года. Монастырь был передан потомками Василия Ивановича Квашнина, по прозвищу «Туша», во владение Троице-Сергиевой Лавры. Первой церковью монастыря была церковь Преображения - сначала деревянная, а затем каменная, которая в середине XVII века пришла в ветхость и была разобрана. Вторая церковь монастыря - каменная, во имя Андрея Стратилата, - была сооружена в XVI веке.
В Смутное время вблизи села Тушино и Спасского монастыря стоял лагерь Лжедимитрия II. Его войско, добывавшее пропитание грабежом, опустошило окрестные деревни и разорило монастырь. В 1764 г. монастырь был упразднен, и Преображенская церковь стала приходской церковью сел Спасское и Тушино. В XIX веке вследствие многочисленности прихода встал вопрос о ее расширении или перестройке. Кроме того, церковь находилась в достаточно ветхом состоянии, а из-за оползания берега реки в течение трех столетий оказалась на краю обрыва. Поэтому в 1870 г. было принято решение о строительстве новой каменной церкви в селе Спасском - в стороне от первой и вдали от опасного обрыва берега - на противоположном и ближнем к селу Тушино конце главной улице села Спасское.
Автором проекта новой Преображенской церкви села Спас-Тушино явился архитектор Палаты государственных имуществ Владислав Осипович Грудзинский. Вскоре после утверждения проекта, в 1875 г. кирпичную трапезную и колокольню старинной церкви разобрали до основания, а кирпич использовали на сооружение ограды вокруг новой церкви. Митрополит Московский и Коломенский Иоанникий лично освятил Спасо-Тушинский храм в день праздника Преображение Господне 6 августа 1886 г. На колокольне висело 6 колоколов: большой был отлит в 1821 году, остальные в период постройки храма.
К 1917 году село Спас-Тушино превратилось в крупный промышленный центр текстильной промышленности. После революции церковные земли были национализированы. В 30-х гг. XX века Тушино стало крупным промышленным центром: в нем были построены предприятия тяжелой промышленности и открыт аэродром. В 1935 г. Преображенский храм был закрыт, а его священники репрессированы и в 1937 г. расстреляны.
В здании храма в течение ряда лет находился клуб. Колокольня была взорвана, главный купол снесен. Потом здание было передано ремонтно-строительному управлению и использовалось как склад стройматериалов. В 1990 г. в церкви возобновились богослужения. 17 августа 1990 года, накануне праздника Преображения Господня, патриарх Московский и Всея Руси Алексий II освятил храм. Восстановлены главный и два позолоченных малых купола храма, интерьер украшен уникальной мозаикой. Колокольня храма восстановлена в 1994 году.
